Program ini memperoleh kecaman hebat dalam kalangan pelbagai pihak, terutamanya pertubuhan-pertubuhan sivil atas hujah impak negatif yang bakal dibawa oleh PSI, terutamanya daripada aspek alam sekitar serta sosioekonomi penduduk tempatan. Selain itu, pihak politik seperti wakil UMNO dan Parti Islam Se-Malaysia (PAS) turut membantah PSI dengan menyatakan bahawa projek itu sudah lari daripada tujuan asal dan dilihat lebih mementingkan pihak-pihak tertentu.[10] Tambahan pula, masalah ketelusan pengurusan projek sesama kerajaan negeri dan SRS juga dipersoalkan.[11]

Ancaman geografi dan ekosistem

Presiden Sahabat Alam Malaysia pula berkata bahawa PSI akan menukarkan ciri hidrologi dan geomorfologi (bentuk muka bumi) pesisiran kawasan terlibat serta menggalakkan hakisan tanah dan enaptimbus di kawasan lain.[12] Ancaman kerosakan ekosistem setempat juga diberi perhatian; tumpuan diberikan terhadap ancaman-ancaman termasuk penghapusan kawasan terumbu karang serta kawasan pendaratan penyu lipas, pencemaran perairan dan pelepasan gas rumah hijau apabila rancangan PSI diteruskan.[13]

Ancaman sosioekonomi

Selain ancaman terhadap ekosistem, PSI juga ditentang kerana dikatakan bakal memberi ancaman terhadap penduduk kawasan selatan Pulau Pinang yang bergantung kepada kawasan perairan terlibat bagi tujuan sara hidup melalui sektor perikanan. Sebuah laporan menyatakan bahawa sekurang-kurangnya 87 spesies ikan, termasuk yang berkepentingan dalam perikanan setempat akan terancam.[14] Selain itu, para nelayan juga membantah pampasan oleh kerajaan negeri yang dilihat tidak setimpal dengan ancaman terhadap industri perikanan mereka.[15] Walau bagaimanapun, pihak kerajaan menjamin bahawa sektor perikanan tidak akan terjejas, dan pihak pembangun akan membenarkan sektor perikanan dilakukan sepanjang proses tebus tanah. Sesetengah orang nelayan juga mendukung PSI dengan merujuk kepada potensi bermanfaat terhadap generasi muda mereka.[16]

Kesan demografik dan politik

Pihak PAS menambah hujah bahawa PSI bakal melenyapkan demografi kaum Melayu di kawasan itu, dan menekankan PSI sebagai bukti hilang kepercayaan rakyat serta "keangkuhan" dalam para pemimpin negeri yang terdiri daripada ahli Parti Tindakan Demokratik, DAP.[17][18] PSI juga didakwa bakal membawa masuk penduduk asing dalam jumlah yang besar, dan berpotensi menguatkan lagi sokongan dan undian terhadap DAP di Pulau Pinang.[6]

Reaksi

Pada 2019, sebuah protes oleh badan-badan masyarakat sivil seperti wakil nelayan diadakan di hadapan bangunan Parlimen Malaysia sebagai gesaan pembatalan PSI serta kajian semula PTMP.[19] Pada Jun, PSI menarik perhatian awam apablia dibantah secara terbuka oleh Ahli Parlimen Permatang Pauh, Nurul Izzah Anwar yang menyatakan kebimbangan terhadap rancangan dan kesan PSI serta PTMP. Susulan itu, petisyen-petisyen dilancarkan di atas talian untuk membantah PSI dengan sambutan yang menggalakkan, dengan jumlah penandatangan mencapai ratusan ribu orang.[20]